¿Qué sucede en el cuerpo?

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Los virus de hepatitis A y E entran primero a los intestinos y comienzan a reproducirse. Se propagan al hígado y multiplican dentro de las células hepáticas. Los virus de hepatitis A y E prosperan en condiciones de falta de higiene. Existe una vacuna contra la hepatitis A. La hepatitis A  remite sola, pero puede ser fatal en los niños, los ancianos o los enfermos crónicos. La hepatitis E representa un peligro para las embarazadas en el tercer mundo. Si alguien tiene hepatitis C y contrae hepatitis E, puede ser fatal.
Los virus de las hepatitis B, C, D y G entran a la sangre; cuando pasan por el hígado, entran a las células hepáticas y empiezan a reproducirse. El cuerpo ataca a las células infectadas, lo que causa inflamación del hígado. En la infección de hepatitis B, normalmente el hígado se recompone por sí solo, dejando anticuerpos al antígeno superficial, que evidencian que hubo infección, pero que el cuerpo la derrotó. Sin embargo, estudios recientes muestran que la hepatitis B puede volver muchos años después en los individuos que han supuestamente eliminado el virus, muy parecido al “síndrome post-polio".  Hasta el 90% de los infectados con hepatitis B eliminarán el virus. Existe una vacuna.
Cuando alguien contrae el virus de la hepatitis C, su cuerpo produce anticuerpos para intentar destruirlo. En la mayoría de los casos, los anticuerpos no identifican correctamente al virus. La infección entonces se hace crónica. La mayoría de la gente infectada no sabe que tiene el virus. Eso es porque algunas personas no tendrán síntomas y en otras, los síntomas pueden tardar un promedio de 13 años para desarrollarse. Algunas personas pueden tener la hepatitis C por 20 años o más antes de saberlo.  No existe vacuna contra la hepatitis C.
La manera en que la hepatitis afecta a las personas es diferente según los casos. Algunas no son afectadas por la condición, pero otras son afectadas gravemente.
Actualmente parece que si 100 personas contraen hepatitis C:
De 15-20 personas lo eliminarán dentro de 2-6 meses (muy parecido a como eliminamos a un virus de influenza).
60 personas tendrán una infección a largo plazo que puede no causar problemas o puede causar problemas de daño hepático desde leves a serios.
20-25 personas tendrán una infección a largo plazo que acabará en daño serio al hígado después de 20 años.
De estas personas (esto es, aquellos con daño serio después de 20 años): 10 permanecerán estables y los otros 15 progresarán al fallo del hígado o cáncer hepático después de otros 5 años
Según un artículo en Gut 2000;47:131-136, el índice de progresión, en 5 años, al cáncer hepatocelular es de 13.4% y el índice de progresión, de 5 años, a muerte es de 15.3%.   
 
La infección con hepatitis C no siempre enferma a la gente. Cuando alguien sí se enferma, los síntomas tardan bastante tiempo para desarrollarse (aproximadamente 13 años).
Los síntomas muchas veces pueden mantenerse en un cierto nivel y no siempre empeoran. Pueden llegar y desaparecer sin ningún patrón.
Algunas personas con infección crónica no tienen daño hepático apreciable  ni síntomas. Estas personas se mantienen sanas, pero PUEDEN INFECTAR Y DEBEN TOMAR LOS CUIDADOS  PARA REDUCIR CUALQUIER RIESGO DE TRANSMITIR EL VIRUS A OTROS.
Los datos sobre el curso clínico de VHC son limitados porque el comienzo de la infección muchas veces pasa desapercibido, y el transcurso temprano de la enfermedad es indolente y prolongado en muchos individuos.
Los estudios prospectivas son pocos, típicamente pequeños, incluyen relativamente pocos sujetos que puedan documentar bien su fecha de infección, (ej.,quienes recibieron transfusiones de sangre y  las víctimas de pinchazos accidentales con agujas), y tienen un tiempo relativamente corto para el seguimiento y control posteriores. La historia natural de la enfermedad parece variar según la geografía, el uso de alcohol, las características del virus (ej., genotipo, carga viral), co-infección con otros virus y otros factores inexplicables.
National Institutes of Health Statement on Hepatitis C 1997.